dTTP常用于PCR、real-time PCR、RT-PCR、cDNA合成、引物延伸反应、DNA测序、DNA标记等各种常规分子生物学反应。
本产品为溶液钠盐形式,用超纯水配制,并用高纯度NaOH溶液调节pH值至7.0,浓度为100 mM。
经检测,dGTP纯度≥99%(HPLC),且无DNase和RNase污染。
本产品为即用型,可以直接用于PCR等各种常规分子生物学反应。
特点包括:
• pH 7.5
• HPLC 确认纯度 >99%
• 在 –20°C 下稳定保存 2 年
• 不含 qPCR、PCR、逆转录抑制剂
• 不含 DNase 和 RNase
• 不含人类和大肠杆 DNA
PCR 反应 概要:
1.配置反应体系
将各成分依次加入到 0.5ml 的离心管中
扩增使用热启动酶,可在常温下操作,非热启动型的酶要在低温配置反应体系。
2.按照试剂盒说明书设置反应时间和温度,扩增结束后电泳鉴定
3.琼脂糖核酸电泳:
· 将电泳所用器具蒸馏水洗净,架好梳子
· 根据要分离的 DNA 片段大小制备合适浓度的琼脂糖凝胶,准确称取一定的琼脂糖加入到锥形瓶中,加入 30ml 左右的电泳缓冲液(TAE 或 TBE)
· 在微波炉中加热融化后冷却至 40℃左右,充分混匀后倒入电泳槽中
· 室温下凝固 40 分钟左右,小心拔出梳子,将凝胶放置电泳槽中准备点样
· 在电泳槽中加入电泳缓冲液,漫过凝胶表面即可,点样孔内不要有气泡
· 样品点样前准备好,(在八连管中)加入 5ul 样品,1ul 的 6xLoding buffer 和 1ul 的染料混合,用抢将混合后的样品缓缓注入到点样孔中,注意不要串孔
· 按照正负极(红正黑负),接通电源,电压 40-60V,时间 30-40min,可根据溴酚蓝的位置判断是否终止电泳
· 电泳结束,关闭电源,凝胶成像观察,并对比 marker 确定片段大小
(不同的琼脂糖浓度分离不同大小的 DNA 片段)
引物
引物是决定 PCR 反应成败的关键,要保证扩增的准确、高效,引物的设计要遵循如下原则:
1. 引物的设计在 cDNA 的保守区域,在 NCBI 上搜索不同物种的同一基因,通过序列分析的软件,得到不同基因相同的序列就是该基因的保守区
2. 引物的长度:15-28bp,长度大于 38bp,会使退火温度升高,不利于普通 Taq 酶的扩增
3. 引物 GC 含量在 40%-60%,Tm 值最好接近 72℃
4. 因密码子的简并性,引物的 3’端最好避开密码子的第三位(最好为 T)
5. 碱基分布错落有致,3’端不超过 3 个连续 G 或 C
6. 引物自身不要形成发夹结构,引物设计完成,要 BLAST 验证
模板
PCR 扩增对模板的要求不高,单链、双链 DNA 均可作为扩增片段,虽然 PCR 能够扩增微量的 DNA,为了保证扩增的特异性,对不同来源的模板,起始浓度有一定要求,可以是纯化后的样品也可以是粗制品,不同来源的模板采取不同的处理方法,实验模板的纯化越简单越好,但模板中如果含有任何的 Taq 酶抑制剂、蛋白酶、核酸酶等,会干扰反应。模板提取注意保存,不能放置太久,避免反复冻融并防止降解。多数人会忽略这一问题,当实验结果没有任何条带时,可优先考虑是否为模板降解的原因。
其他
1. Taq DNA 聚合酶:Taq 酶种类有很多,热启动酶,高保真酶,根据各自实验的应用选择合适的酶扩增,一般的反应,化学修饰的热启动酶即能很好的完成,化学修饰热启动酶能够 避免低温下任何非特异性产物产生。酶的浓度对扩增有一定影响,酶用量过多,会导致非特异性产物,操作按照说明书即可。
2. dNTP:四种 dNTP 的浓度要相同,其中任何一种浓度偏高或偏低,都会引发碱基的错误渗入。此外,dNTP能够和体系中镁离子结合,从而影响体系中镁离子的浓度。
3. 缓冲液:缓冲液一般随酶提供,一般的 PCR 试剂盒包括 Taq 酶,缓冲液,dNTP,水。初次扩增,可以完全按照试剂盒的说明书操作,如果扩增结果有问题,可自己尝试摸索实验 条件或重新设计引物提取模板扩增。
4. 因空气中和手上有一定污染源,操作过程中要戴手套,在干净的环境中配置反应体系,防止空气中的污染源。
5. PCR 扩增的水要经过高压灭菌或 0.2um 滤膜过滤。
6. 产物切胶回收二次扩增前,要先鉴定,二次扩增模板稀释 1000 倍。
常用于PCR、real-time PCR、RT-PCR、cDNA合成、引物延伸反应、DNA测序、DNA标记等各种常规分子生物学反应。
应用:
• qPCR、RT-qPCR
• PCR、RT-PCR、cDNA 合成
• 高保真度和长范围 PCR
• 等温扩增
• DNA 标记
• 克隆
• Sanger 和下一代测序 (NGS)