DEPC水是用0.1%DEPC(diethypyocarbonate)焦磷酸二乙酯处理,再经高温高压消毒的MiliQ纯水,经检测不含RNase,DNase和proteinase在0.1%浓度下,可以抑制RNA酶活性,从而保护RNA不被降解。
RNase及DEPC处理:
1. 高压灭菌不能有效去除溶液中的RNase,因为RNase会在溶液冷却后复性?
错误,因为单独进行高压灭菌确实可以使大量RNase A失活。将不同浓度的RNase A加入到PBS溶液中并进行高压灭菌。之后对每种溶液取用一份与304个碱基的32P标记的RNA探针进行混合并在37°C下孵育1小时,然后进行凝胶电泳并曝光拍摄。不经高压灭菌处理时,RNase浓度为100 pg/ml时探针开始降解。而高压灭菌并不能使高至1 ug/ml的RNase A完全失活,探针在其中严重降解。需注意,高压灭菌只能使部分RNase失活,不然RNA探针在任意RNase浓度下都会保持完整。单独进行高压灭菌对于部分应用来说已经足以去除足够的RNase了。但是,因为通常我们不清楚实验对什么样的RNase污染程度或浓度敏感,所以应当使用DEPC作为额外的预防措施。另外还需注意,这些实验仅针对RNase A进行了分析,对其他RNase可能不一定准确。
2. 高压灭菌会使DEPC失活?
正确。高压灭菌会使二乙基焦磷酸盐水解,从而使DEPC失活,并且期间会释放出反应副产物CO2和乙醇。DEPC在水中的半衰期大约为30分钟,而对于DEPC浓度为0.1%的溶液,进行15分钟/升的高压灭菌后即可认为其不含DEPC。
3.对含DEPC的溶液进行高压灭菌应当足够久以彻底去除溶液的气味?
错误。高压灭菌后会残留轻微的乙醇气味,不过更常闻到的是一种甜水果味,这是由副产物乙醇与微量的羧酸残留结合并形成挥发性酯类而造成的。这种气味并不意味着溶液中仍有DEPC残留。
4.含Tris的溶液不能使用DEPC进行处理?
正确。Tris含有氨基,从而会“吸干”DEPC,使其不能失活RNase,分别制备1 M的Tris、MOPS、HEPES和PBS缓冲液,并向每种缓冲液中分别添加0.1%或1%的DEPC。然后向每种溶液中同时加入1 µg/ml的RNase A。对所有缓冲液进行高压灭菌并分别取一份与304碱基长度的32P标记RNA探针混合然后在37°C下孵育1小时。然后使用凝胶电泳及曝光摄影来评估探针完整性。Tris和HEPES确实会使DEPC在0.1%的浓度(大多数实验方案建议浓度)下无法失活RNase。不过,1%的DEPC则足以克服这一影响。当使用DEPC处理1 M的MOPS和PBS缓冲液时,两种浓度(0.1%和1%)下的DEPC仍都可以失活RNase。要预测DEPC与所有分子生物试剂间的交互作用是不可能的。制备无RNase溶液的最谨慎方案应当为将分子生物级的粉末状试剂与DEPC处理水进行混合。
5. 0.1%的DEPC足以抑制溶液中任意量的RNase?
错误,失活RNase所需的DEPC量会随着溶液中所含的RNase残留量的增长而增长。分别将100、500和1000 ng/ml的RNase A加入到水中然后使用不同量DEPC进行处理。对溶液进行高压灭菌,然后分别取一份与304碱基长度的32P标记RNA探针混合然后在37°C下孵育1小时。然后进行凝胶电泳和曝光摄影。未处理的溶液或经0.01%DEPC处理的溶液可以使100 ng/ml RNase A失活。当RNase浓度增加为500 ng/ml时,该DEPC浓度已不足以使RNase失活,探针会发生降解。将DEPC浓度提高至0.1%时,可以保护探针免受高至500 ng/ml RNase A的影响,而1%的DEPC则可以使1000 ng/ml RNase A失活。0.1%的DEPC可能对于大多数来源于周围环境或实验操作(例如使用了大量RNase的核糖核酸酶保护实验及质粒制备等)的RNase污染来说都是足够的。
6.若0.1% DEPC可以很好地抑制RNase,则1%浓度应当取得更好的效果?
正确,提高DEPC浓度可以抑制更严重的RNase A污染。不过,溶液中DEPC残留或DEPC副产物的高水平残留会抑制很多酶促反应或化学修饰(羧甲基化)RNA。已有文献记载了RNA样品中残留的DEPC副产物会抑制体外翻译反应的情况(Winkler,未发表结果)。在本研究中,我们测试了转录反应中DEPC的抑制作用。使用真空离心机将模板DNA进行完全干燥,然后分别使用0.01%、0.1%和1%的DEPC处理水进行重悬。使用32P-UTP,然后添加相同浓度的DEPC水达到终体积,从而进行MAXIscript™的平行双样转录反应。对反应体系进行孵育并通过TCA沉淀来评估结合百分比。
用于核酸分离和分析试剂中存在的核酸酶污染会导致实验结果不一致,有时甚至导致实验失败。
在试图找出污染源时,很容易忽略实验中使用的水,无论它是制备试剂还是重新悬浮沉淀的 RNA。
即使是纯净水也可能具有较高的 pH 值和矿物质,这些矿物质会干扰需要特定盐和 pH 条件的反应。
MDBio提供了无核酸酶水,以免污染非特异性的核酸内切酶 ,核酸外切酶和核糖核酸酶活性