1.琼脂糖加热溶解所需时间短。
2.琼脂糖在TAE或者TBE缓冲液中不溶解，加热时，琼脂糖颗粒水化形成溶液，水化是时间依赖的，不同的琼脂糖水化点不同。琼脂糖纯度高，超微颗粒，非常适合作为电泳实验载体。对比于其他的琼脂糖，琼脂糖水化速度快，使用者无需煮沸过长时间，否则易导致胶液浓稠，不利于混匀，凝胶后易破损。
3.熔点范围：63-68℃ ,凝胶温度 ( 1.5%)：25-30℃
4.琼脂糖凝胶的孔径大小非常理想，可分离0.1-25 kb范围内的核酸分子，
聚丙烯酰胺形成的孔径较小，可用于分离小于1 kb的核酸分子。 某些情况下，应该采用聚丙烯酰胺19:1凝胶以获得片段小于100bp的单碱基分辨率
5.不同长度的DNA片段分离提供了推荐的琼脂糖凝胶百分比如上图，较高比例的凝胶便于更小片段、更好的分离和分辨，低比例凝胶十分脆弱且难以操作，而高比例凝胶则较浑浊，且会干扰可视化。