裂解液中的去垢剂浓度太高或配方过于剧烈：此时降低去垢剂浓度或更换去垢剂种类；
受蛋白的亚细胞定位影响：应重新选择裂解液配方来释放目的蛋白；
蛋白与蛋白之间的相互作用太弱或不太稳定：应选择亲和力更高的抗体以捕获更多的目的蛋白，从而捕获更多的相互作用蛋白；过表达提高目的蛋白的含量：选择目的蛋白或相互作用蛋白含量高的样品进行免疫共沉淀实验。