样品被蛋白酶降解，处理方法：添加蛋白酶抑制剂(protease inhibitor)；所有操作保持4℃以下冰上操作并防止冻融。
抗体浓度太低，处理方法：调整IP和/或IB抗体浓度， 必要时设立浓度梯度，摸索最佳浓度；
抗体亲合力太低，处理方法：选用适合于IP和/或IB的相应抗体；
IP抗体未与agarose珠子结合，处理方法：选用适合于IP的相应珠子， 正确保存防止变质或干燥；
Tag未暴露在融合蛋白构象的表面，处理方法：改变tag融合表达部位；
裂解液严谨度太高，处理方法：改用低严谨度裂解液。